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　　離子阱質(zhì)譜儀是利用離子阱作為分析器的質(zhì)譜儀稱為離子阱質(zhì)譜儀。目前使用多的是由高頻率電場進(jìn)行離子封閉的保羅阱(Paul trap)。

　　由一個雙曲面截面的環(huán)形電極和上下一對端電極構(gòu)成。封閉在真空池內(nèi)的離子，通過高頻電壓掃描，將離子按m/z從池中引出進(jìn)行檢測。

　　離子阱質(zhì)譜儀是一種低分辨時間串聯(lián)質(zhì)譜儀?？梢赃M(jìn)行msn的測定(通常n=2-6)。而且價格比其它類型的串聯(lián)質(zhì)譜儀便宜。目前在有機(jī)物定性方面得到了很廣泛的應(yīng)用。

　　離子阱質(zhì)譜(ITMS)是利用高電場使質(zhì)譜進(jìn)樣端的毛細(xì)管柱流出的液滴帶電，在氮?dú)鈿饬鞯淖饔孟?，液滴溶劑蒸發(fā)，表面積縮小，表面電荷密度不斷增加，直至產(chǎn)生的庫侖力與液滴表面張力達(dá)到雷利極限，液滴爆裂為帶電的子液滴，這一過程不斷重復(fù)使終的液滴非常細(xì)小呈噴霧狀，這時液滴表面的電場非常強(qiáng)大，使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進(jìn)入質(zhì)量分析器。

　　離子阱質(zhì)譜從液相中產(chǎn)生離子，一般說來，肽段的混合物經(jīng)過液相色譜分離后，經(jīng)過偶聯(lián)的與在線連接的離子阱質(zhì)譜分析，給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是分析時間一般較長。